Как решить Антоним слова параллельно? Математик ответил: перпендикулярно, а физик?.

Возможно, речь идет о параллельном и последовательном соединении радиоэлементов. Тогда антонимом слову "параллельно" будет слово "последовательно". Но это ближе к радиотехние =))
                                                                              

Это смотря какой физик. Физик-теоретик так и скажет: "перпендикулярно", некоторые физики-теоретики предпочтут слово "нормально". А вот радиофизики в подавляющем большинстве предпочтут сказать "последовательно".

Я не физик, а математик, но может эти яйцеголовые теоретики говорят "ортогонально"? 

Что такое антоним? Слово, имеющее противоположный смысл, противоположное значение. С точки зрения физики противоположным параллельному  (т.е. направленному одинаково, в одну сторону) будет антипараллельное (направленное в прямо противоположные стороны). Значит антоним слову "параллельно" - "антипараллельно".