Две руки (ударение на "и");
Поднимите "руки" (ударение на "у").

Иногда с помощью ударения можно понять, какое перед нами слово (форма слова): вЕчер или вечОр, рУки или рукИ, вОвремя или во врЕмя и т.д. Думаю, что это удобно.
Возьмем выражение, предложенное Aanatoli, "рукИ не подам". Если бы в нем ударение ставилось бы на первую гласную "У", то получилось бы "рУки не подам". Такое выражение тоже есть в языке, но имеет оно прямой смысл, в то время как выражение "рукИ не подам" имеет переносный смысл: "не уважаю".
Так что разное ударение в формах слова и в однокоренных словах используется для различения этих слов (форм), не говоря уж о совсем разных словах (зАмок - замОк).
                                                                              

Насколько я помню граматику русского языка, то "Две руки" это множественное число слова рука, а "поднимите руки" это винительный падеж слова рука, потому и ударения разные, суда же можно отнести выражение "руки не подам" это родительный падеж слова рука.