Как это решить Будет стоить две чашки или двух чашек кофе, как правильно?.

Смотря как задать вопрос. Если спросить: "Сколько будет стоить две чашки кофе?" или "Какова стоимость двух чашек кофе?". Оба приведенных варианта верны.