В чем коренное  отличие обаяния от обоняния если в самих словах разница всего в две буквы?

"Обоняние" - этот одно из наших пяти чувств - способность распознавать запахи.
А вот с "обаянием" - тут посложнее. Это понятие близко к понятию "очарование", т.е. затуманивание истины путём напусканием чар.
Также дело обстоит и с обаянием. Обаять -  это затуманить, подменить истинную картину восприятия ложной. 
Но со временем как понятие "очарование", так и понятие "обаяние" утратило свой первоначальный смысл.
"Очарование" тихой сапой превратилось в нечто вроде "восхищения", а "обаяние" во "внушение положительных качеств".