Как следует писать правильно "согласно накладных" или "согласно накладным"?
Какое окончание следует писать "ых" или "ым"?

Проще написать так: По накладным или на основании накладных.
Теперь перейдем конкретно к поставленной в вопросе задаче:правильно будет написать- согласно накладным
Поясню почему:возьмем существительное накладная в единственном числе.
По примеру согласно (чему?)-накладной-это дательный падеж в русском языке
Следовательно накладные во множественном числе, согласно вопросу, будут тоже в  дательном падеже и отвечать на тот же вопрос (чему?)!
Ответ:  Согласно накладным.