«Она грациозно встала и, покачивая бедрами, вышла из комнаты».
Правильно ли поставлена запятая? Может быть, запятая должна быть перед «и»? Или и до и после?
Заранее благодарен за ответы.

Уважаемый Автор вопроса, Вы правы, предполагая, что запятую нужно поставить после "и".
И вот почему.
Это предложение осложнено ообособленным обстоятельством, выраженным  деепричастным оборотом (покачивая бёдрами). 
Как известно, деепричастные обороты выделяются всегда, вне зависимости от их расположения и отдалённости от сказуемого.
Перед деепр. оборотом есть союз "и" - он  не включается  в его состав (в отличие от союза "а" или "но") и выполняет иную роль - соединяет однородные сказуемые "встала", "вышла".
                                                                              

Школу я закончил довольно давно, но помню Учитель говорила: - "Хотите быстро определить деепричастный оборот - посмотрите, можете ли выкинуть часть фразы без потери смысла?"
«Она грациозно встала и вышла из комнаты» - смысл не потерян, утрачен "окрас".
Значит «покачивая бедрами» - деепричастный оборот. Выделен запятыми правильно.

Оборот абсолютно правильно взят в запятые с обеих сторон. Заятая перед "и" не нужна.
Есть правило (с которым некоторые пытаются спорить), что перед первой "и" в предложении запятая не ставится никогда. Перед всеми последующими - необходима т.к. это уже идут перечисления.

В данном предложении выделяется деепричастный оборот. Он выделен правильно,т.к. в данном предложении есть однородные сказуемые (встала и вышла), после деепричастный оборота идет 2 сказуемое, поэтому запятая ставится после и.