Пунктуационный анализ.
Расставьте знаки препинания. Укажите цифры, на месте которых должны стоять запятые.
На месте (1) где построена Покровская церковь (2) сначала были засыпаны слой глины (3) за усадкой которых (4) внимательно наблюдали (5) и (6) когда устойчивая высота этого основания превысила уровень самого сильного весеннего паводка (7) возвышенность покрыли ( доставленными сюда (9) белокаменными плитами

Запятые ставим
на месте 1-2, так как тут придаточная часть (где построена .. церковь) внутри главной.
Места 3-5 - также придаточная часть - (за усадкой ...наблюдали).
И также 6-7, тут опять же придаточная часть - ( когда .. паводка).
4,8,9 - ничего не ставим, нет причин.
В итоге имеем.
                                                                              

На месте, где построена Покровская церковь, сначала были засыпаны слои глины, за усадкой которых  внимательно наблюдали, и, когда устойчивая высота этого основания превысила уровень самого сильного весеннего паводка, возвышенность покрыли доставленными сюда белокаменными плитами.
Запятые: 1, 2, 3, 5, 6, 7.