Где нужно поставить запятую в таком предложении: "Учительница указала какому ученику какой мелок взять"?

Запятая нужна здесь только одна — перед словом "какому". Собственно, запятые, да и другие знаки препинания в русском языке ставятся не "перед", а чаще всего "между": между однородными членами, частями сложного предложения и так далее. Если я не ошибаюсь, в условии вопроса у нас приведено сложноподчинённое предложение с придаточным изъяснительным. Первая часть (Учительница указала) — главное, а вторая — придаточное предложение. Можно задать вопрос "что?" [Учительница указала (что?), какому ученику какой мелок взять]. Между главной и придаточной частями сложноподчинённого предложения при наличии подчинительного союза в русском языке почти всегда ставится запятая.
Итак:
                                                                              

"Учительница указала, какому ученику какой мелок взять"

Это предложение - сплошная речевая ошибка. Я бы вообще не ставила в нем запятую.
Рассмотрим предложение: Учительница указала какому ученику какой мелок взять. Грамматическая основа учительница указала (что?) какой мелок взять. Это дополнение. Указала кому? ученику. Тоже дополнение. Ученику какому? какому. Определение. Получается, перед нами простое предложение, с распространенным второстепенными членами составом сказуемого. Между составом подлежащего и составом сказуемого запятая не ставится.

Запятая в данном случае будет ставиться после слова указала. Здесь все просто - нужно найти главные и второстепенные члены предложения, немного подумать и расставить знаки препинания.