Особенно, когда речь идет не о закономерном труде рабочего, а о многочисленных сложностях, непредвиденных обстоятельствах, мешавших работе?

Синонимы к фразе "сделали с трудом" предлагаю следующие:
выполнили с трудом; завершили с трудом;сделали с большими усилиями; выполнили с большими усилиями; завершили с большими усилиями"исполнили с трудностями; завершили с трудностями, выполнили с трудностями;едва сделали; едва выполнили; едва исполнили; едва завершили;еле выполнили; еле сделали; еле исполнили; еле завершили;сделали, несмотря на форс-мажор;А вообще алгоритм создания синонимов к  этой фразе прост: используем синонимы к слову "СДЕЛАЛИ" - выполнили, исполнили, смастерили;  Затем используем синонимы к "С ТРУДОМ" - с трудностями, с проблемами, с тяжестями, со сложностями, с осложнениями,  с препятствиями...
                                                                              

Синонимами к фразе "Сделали с трудом" будут следующие:
сделали с натяжкойсделали ели-елисделали через силусделали с грехом пополамсделали с горем пополамсделали не без трудасделали пересиливая себясделали превозмогая себя

Ну на вскидку:
выполнили (ИСПОЛНИЛИ) еле-еле;едва-едва выполнили (исполнили);насилу выполнили;с горем пополам выполнили (произвели);с грехом пополам выполнили (сотворили);из последних сил выполнили (замутили);кое-как (кой-как) выполнили (совершили);через силу выполнили (учудили);

Сделали всё, что могли.
Сделали невозможное.
Прорвались через тернии к звёздам.
Выложились на все сто.
Сделали всё от нас зависящее.
Костьми легли, но сделали.
Сделали приложив максимум усилий.
Сделали наперекор всему.
Сделали сметая все преграды.
Здоровье положили, но сделали.

Еле еле.
Невзирая ни на что
Несмотря ни на что
Через пот и кровь
Героически
Сквозь все препоны
Прорвались
Через трудности
Через все сложности
Несмотря на препятствия
Несмотря на все проблемы
Несмотря на обстоятельства
Сквозь сциллу и харибду
Решили вопросы
Разрешили проблемы

Синонимы - это слова близкие по значению, но разные по написанию.
было сложно сделать.еле-еле сделали.с горем пополам сделали.приложили много усилий, чтоб сделать.С большим трудом сделали.Очень тяжело было сделать.

Кровь с носа, умри, но сделай, хоть укакайся, но сделай, хоть лопни, но сделай, через не могу, но сделай, раз, да - взяли.