Ты не был (здесь) или тебя не было (здесь)?
Он не был (с нами) или его не было (с нами)?
Вы не были (в музее) или вас не было (в музее)?

Обе формы правильны и вполне приемлемы, широко используются в языке. По смыслу они практически идентичны, однако в первом варианте личное предложение, где тот, кого нет является как бы активным участником происходящего, тогда как во втором варианте предложение безличное, а участник уже пассивный.
Если углубиться в семантику, то в первом варианте на отсутствующего как бы возлагается ответсвенность за его отсутствие, т.е. его нет по его собственному желанию или в результате каких-то его действий или бездействия. "Ты не был в Париже" = "Ты туда не ездил". "Он не был с нами" = "Он был не с нами, а в каком другом месте", т.е. выбрал другое местонахождение.
Второй вариант звучит более нейтрально, больше как констатация факта, что кого-то нет / не было в том или ином месте.