Такое предложение "Вороны свили гнездо и отложили в него яйца" или "Вороны свили гнездо и отложили в нем яйца". Я понимаю, мы говорим "мы положили в банку огурцы", "в банку" винительный падеж. Но здесь, когда мы говорим о птицах, "Вороны сидят в гнезде и там же, в гнезде, откладывают яйца", получается предложный падеж. Как правильно? Как объяснить выбор?

ОТЛОЖИТЬ, св. что. 4. только 3 л. Произвести, оставить для воспроизведения потомства. О. яйца. О. икру. О. личинки.
В словаре нет указания на второй падеж, здесь правильны оба варианта, выбор же зависит от ситуации, которую описывает автор.
Вороны свили гнездо и отложили в нем/в него яйца. Вороны уже отложили яйца в гнездо.
Птицы откладывают яйца в разных местах (где?): в гнезде, в траве и даже на голой земле.
В.п. используется, если имеется в виду (называется, подчеркивается) МЕСТО, которое ПРЕДНАЗНАЧЕНО для кладки в него яиц и ВНУТРЬ которого  которое они помещаются.
Птицы отложили яйца (куда, во что): в гнездо/в траву/в специально вырытую ямку.