например стОит и стоИт

Ударение в каждом языке  выполняет разные функции, в числе которых есть и так называемая сигнификативная  функция (от лат. significare — давать знать, обнаруживать). Это смыслоразличительн�ая функция, которая позволяет различать как грамматические формы слов, так и их лексические  значения, как это происходит в данном случае и других  (ср. рус. «замок - замок» и др.). Русские в своём родном языке  пользуются этим  фонетическим средством совершенно естественно, точно так же, как  они по одному звуку узнают  разное значение слов «рот», «кот», «мот»,  «пот» и др. 
С помощью ударения свободно различают в своём родном языке смысл слов не только русские, но и другие народы, например: др-греч. phoros налог  - phoros  несущий; нем. übersetzen  переправить - übersetzen  переводить; англ. perfect идеальный - perfect улучшить, усовершенствовать.

По ударению и различают.
ХлОпок - вещество. ХлопОк - действие.
ПЕрепел - птица. ПерепЕл - действие.
СтОит - величина. СтОит - оценка. СтоИт - действие.

По контексту. Так же как и все прочие люди, потому что во многих языках есть слова сходные по звучанию, но разные по значению.