Попались здесь на страницах БВ два однотипных вопроса, но с разным наптсанием одного и того же слова: семЕнной и семЯнной.
Как же все-таки будет правильно и почему?

Правильно все-таки писать (да и говорить) "семенной". Семенной картофель, семенной фонд, семенная жидкость.
Какой? Какая? Этими вопросами обозначен признак предмета, следовательно, слово приведенное является именем прилагательным (разного рода).
Как же образовано имя прилагательное "семенной"?
Особенность его в том, что оно образовано от имени существительного на "мя" -- семя.
У  таких существительных на "мя" в косвенных падежах  (кроме винительного) появляется в основе суффикс "-ен-", а соответствующие  прилагательные  образуются от основы косвенных падежей при помощи суффикса  "-н-", например: время - времени - временный; пламя - пламени - пламенный.
Вот и прилагательное рассматриваемое так же образовано, поэтому у него и остается суффикс "-ен-" от существительного. Правильно только так -- семенная (жидкость, коробочка).
                                                                              

Эти два вопроса заданы разными людьми, так как вряд ли один человек задаст 2 почти одинаковых вопроса, тогда второй вопрос скорее всего будет закрыт. Чтобы прояснить правило правописания "семенной", надо вспомнить про растения. Если у растения одна единица семян - это "семя", то множественное число этого существительного - это "семена". Множественное число существительных, которые заканчиваются на "мя", имеют во множественном числе окончание "ена". Примеры: семя - семена, время - времена, знамя - знамёна. Слово "семенной" означает плод, оставленный на семена, например "семенной кабачок". Слово "семенной" является проводным от слова "семена". Семена - это проверочное слово для слова "семенной". По аналогии стоит писать понятие "семенная жидкость".   

Приведённое прилагательное образованно от существительного «семя». Оно оканчивается на «мя». При склонении данного прилагательного появляется корневое наращение «ен».
Семя - семени, о семени. Поэтому в прилагательном правильно писать «семенной».  Двойная буква «НН» пишется по правилу, существительное оканчивается на «мя
Семенной материал томатов испорчен, появилась плесень.
Семенные коробочки чеснока надо досушивать в проветриваемом помещении.