Помогите решить Какие корни в словах мануальный, мануфактура, манускрипт, фактура, скрипт?.

Все слова, данные в вопросе, имеют иноязычное происхождение. Правда, проникли они и осваивались  русским языком по-разному.
Например, сложные слова "манускрипт" и "мануфактура" были заимствованы уже сложными, т.е. русская современная морфемика не выделяет в них два латинских корня. Это значит, что оба слова состоят из иноязычного корня, совпадающего с основой, и русского окончания:
манускрипт (сущ. мужского рода) - корень = основа "манускрипт-" +окончание, в именительном и винительном падеже нулевое,мануфактура (сущ. женского рода) - корень так же совпадает с основой, окончание -а.Другие два сущ-х, некогда образовавшие сложные слова, в русском употребляются самостоятельно и имеют такой морфемный состав: скрипт (м.р.)- корень равен основе, нулевое окончание, появляется в косвенных падежах, кроме винительного, фактур-а (ж.р.) - (корень=основа)+окон�чание.
А вот прилагательное "мануальный" образовано по правилам русского языка суффиксальным способом от латинского "ману" (рука), следовательно, корень - ману-, -альн- - суффикс.