Первокласснику задан звуко-буквенный разбор слова "заяц". Он недавно уяснил, что буква я передает на письме звки [й][а]. Но по-русски [зайац] не говорят. Даже волк из мультфильма "Ну, погоди!" кричит "Заиц, ты меня слышишь?". Как пояснить это явление в начальной школе? В каких еще случаях буква я не передает сочетание звуков йа?

Ну что тут можно посоветовать?
Звуко-буквенный разбор слов в современной школе теперь начинают проходить мало того что в начальных классах, но и начиная прямо с первого. Ком знаний нарастает просто стремительно.
Ребята узнают на уроках русского языка о том, что некоторые гласные ( я, ю, е, ё ) в начале слова, после мягкого и твердого знаков, а также после других гласных в словах обозначают не один гласный звук, а всегда мягкий и звонкий согласный [й] и гласный [а].
Мне тоже такая скорость не нравится, но бороться с системой бесполезно. Если правило пройдено, его нужно знать.
Ученику нужно просто запомнить эти три случая и гласные буквы, дающие в них не один, а два звука.
С моей точки зрения, также важно с самого начала приучать ребенка к мысли о том, что в нашем родном языке мы пишем слова не так, как они слышатся, а по правилам орфографии.