Как решить Какие слова имеют правильное написание, но можно принять за ошибочное?.

Интересная формулировка у вопроса, а пояснения к нему, к сожалению, нет. Поэтому я не совсем уверена, что поняла суть правильно.
Мне кажется к описываемым в вопросе словам можно отнести те, орфография которых зависит от их значения. Во многих случаях у них есть пара, в которой буквально одна буква другая и другой смысл.
Рассмотрим конкретные примеры.
Имена существительные компания ( общество друзей и близких людей ) и кампания ( предвыборная, посевная и т.д. ).
Презреть ( не обращать внимания на ... ) и призреть ( приютить, позаботиться о ... ).
Шествовать ( идти ) и шефствовать ( брать над кем-то шефство ).