У меня в рассмотрении варианты:

• Более половины, а именно 58, из 96...
• Более половины, а именно, 58 из 96...

Если интересует полный текст предложения, он этом ответе.

Союз "а именно" является пояснительным. Он вводит в предложение пояснительные члены, уточняющие,  конкретизирующие  то, о чём говорится ранее, до этого союза.
Вся конструкция этого союза с пояснительными членами обособляется.
Правильно выделить запятыми часть "а именно 58 из 96 книг".
Ни один из двух находящихся в Вашем рассмотрении вариантов неправилен.
Посмотрела я всё предложение.  Не только эта ошибка бросается в глаза.
В предложении есть причастный оборот, который выделяется запятыми, есть и придаточное определительное, которое тоже отделяется от главной части предложения запятой.
Правильный вариант этого предложения:
                                                                              

Смотрите, смотря на то что я в 7 классе, и насколько могу об этом судить, в этом предложении нужна только одна запятая: перед союзом "а". Перед и ли после числа 58 запятая не нужна, если все же судить о знаке препинания, то с моей точки зрения надо ставить двоеточие, внимание - перед числом 58, больше нигде, в самом предложении знаков препинания не нужно. Надеюсь помог.