Какие слова на русском языке кажутся нелогичными, смысл которого можно спутать при первом прочтении, с точки зрения словообразования/асс�оциаций со смежными словами?
Например. слово профан:
  профан - человек, несведущий в какой-либо области
И имеем слово профессионал:
  Профессионал - человек, сделавший определённое занятие (дело) своей профессией; человек, ставший в какой-либо области деятельности высококлассным специалистом; хорошо подготовленный для работы в определённой сфере специалист, имеющий навыки, квалификацию, а при необходимости и допуск к выполнению обязанностей по своей специальности.
Сокращение профи образовано от слова профессионал. Т.е. может показаться, что слово профан означает не человека, несведущего в какой-либо области, а противоположное.
В действительности же профан образовано от латинского profanus - лишённый святости, непосвящённый, непросвещённый; скверный, осквернённый, можно разбить на следующие составные части: pro – перед и fanus – святыня, храм, освященное место.
В то время как профессионал имеет корень професси, слово же образовано от латинского profess — клясться, обещать, подтверждать: квалифицированные специалисты обладают репутацией, которую необходимо постоянно «подтверждать», и они «клянутся» и «обещают» использовать свои знания и умения для выполнения работы.

GrigoriySm,
я заметил этот ваш вопрос, но отвечаю по той причине, что в комменте получил предложение
написать сюда.
Я тоже задумывался о вашей теме, о логике языков.
В моём восприятии, языки мыслят, но не так как люди, а сообразно своему характеру.
Язык умнее человека, потому мы не всегда понимаем ход его мыслей.
И язык живёт дольше, в этом - тоже причина возможных непоняток.
Вот, например, по-русски уродливый - некрасивый, а по-чешски урода - красота,
по-украински вродлива - красивая.
У вас взяты примеры слов латинского происхождения, но и библия сильно влияла на русский язык.
Например, ивритский «шалом» переводят как «мир», но семантика «шалома» - иная :
шалом - это по смыслу не отсутствие войны. Понять смысл его можно из однокоренных слов :
«шлемУт» - целостность, совершенство, «шалЕм» - весь, целый, «шалвА» - безмятежный покой.
Поэтому неправильно понимается смирение как зажатость и забитость.
Оригинальный «ишталмУт» - это самосовершенствование.
Или первая фраза еванглия от Иоанна :
В греческом оригинале стоит «логос» - божественное слово, закон природы, полный благодати.
Тут скрыты миры высшего языка, языка космического, но никак не земного и не человечесого.
Вам предстоит с космическим языком ещё познакомиться.
                                                                              

Вы идете по правильному пути, я тоже уверен, что значение любого слова нужно рассматривать исходя из лингвистического первоисточника. Из образа жизни людей, которые его употребили для обозначения этого явления или объекта. У всех народов разный речевой аппарат, который влияет на произношение и поэтому одно и тоже слово может в разных местностях даже одного региона произноситься по- разному, что уж тут говорить о разных странах и языках. Мне оч. симпатична теория одаренного, но так рано ушедшего, советского слависта В.М. Иллич-Свитыча, который профел фундаментальную работу по сравнению  разных языковых семей и на основе сходства формантов предположил существования единого ностратического языка. Заимствованные же иностранные слова отдельная песня, они в русском имеют не совсем то значение, которое в них вложил первоисточник, поэтоу и необходимо докапываться до сути через словари.
ах, да, примеры:
у+род - который у Рода (это хорошо),а сейчас плохо;   пре-лесть - превосходная степень лести (это плохо), а сейчас хорошо., а укр. врода = в Роду (красота) не поменял значения.
Арбуз -харбюза-ослиный огурец, по нашему бессмыслица, а на самом деле ослиный в смысле большой, огурец, потому что имеет одинаковые свойства, они оба тыквины.
Про разницу значений: на польском подгору - это вверх, переняли этот смысл украинцы и белорусы, а у нас наборот под гору - это вниз.

Потому что они заимствованы из других языков, а кажущаяся русская логика значения слова не соответствует очевидной логике того языка откуда слово утянуто.
Так исторически сложилось.
Кстати, с современными терминами та же байда, потому, перед тем как ввести в свой лексикон какое-то звонкое, по вашему, слово, следует почитать словарь.

А меня всегда не это удивляло в русском языке. Тут уже правильно ответили на вопрос. Это влияние других языков и  исторические обстоятельства. А вот это ставит в ступор всех переводчиков и, если задуматься, полностью лишено смысла. Но все так говорят и отлично друг друга понимают.
Это когда на вопрос: "Ты это будешь делать?"  (при этом под словом это может быть что угодно, любой глагол, например кушать, спать лежать уйти и так далее)  человек отвечает: "Да нет, наверно!".  А ведь это означает, что может быть да, может быть нет, потому как он еще не решил, но скорее всего нет.