Но я реально не понимаю и затрудняюсь понять это. 

• Когда и в каких случаях надо употреблять то ли иное слово из перечисленных выше  слов ?
• Когда говорить другие слова из этого ряда слов (может я и не знаю некоторые из них или забыла; но все их знают) .

Понятно только, что навоз - это только от животных. Но слово экскременты употребляют, говоря и о животных ведь также. Хотя это слово, по - моему, более походит только к животным, а употребляют его и к людям. Может быть слово экскременты неправильно говорят вообще  говоря и употребляют  это слово  про отходы жизнедеяльности человека?

• В чем принципиальная разница всех этих слов? Как во всем этом не запутаться?
  
• Как говорить и употреблять эти слова правильно и не путать их ?
  
• Какие слова из перечисленного выше ряда употребляют только для человека, а какие только для животных? Или нет разницы вообще в этом? Есть ли какая- то вообще классификация этих слов?
  

По- моему очень трудный вопрос.

Это очень легкий вопрос. Потому, что все указанные в вопросе слова - синонимы.
Также, как и их не указанные простонародно-грубоватые аналоги.
И означают они все одно и тоже -  отходы от деятельности ЖКТ живого организма. Поэтому, в любой ситуации годится любое слово из данного набора.
Однако, так уж сложилось, что слова "кал" и "стул" чаще всего употребляют медики. И они не попросят Вас сдать на анализ "фекалии".
Зато сантехник назовет Вашу канализацию именно "фекальной". Ну ... так у них принято.
А про экскременты чаще всего можно услышать на тусовках биологов и экологов. Они почему-то решили что это слово им больше всего "к лицу".