"Заказчик выплачивает  Исполнителю  денежную  сумму стоимости порученных работ"
Явно что-то не то. но что именно сформулировать не могу.

В этой фразе слово пропущено, как мне кажется.
Заказчик выплачивает Исполнителю денежную сумму, равную стоимости порученных работ.
Или: Заказчик выплачивает ... сумму в размере стоимости порученных работ.
Или: Заказчик ... сумму, соответствующую стоимости порученных работ.
Не думаю, что этот пропуск критичен.
                                                                              

Лично мне режет слух только вот эта часть предложения - "..денежную сумму стоимости.."
Как может быть денежная сумма стоимости. Думаю может быть"денежная стоимость" либо "сумма стоимости"
Все предложение я переделал бы так -
"Заказчик выплачивает Исполнителю стоимость порученных работ."
либо
"Заказчик выплачивает Исполнителю денежную стоимость порученных работ, в размере.."
либо
"Заказчик выплачивает Исполнителю денежную сумму в размере стоимости работ, указанной в пункте... настоящего Договора"

Скорее всего пропущено одно слово, это распространенная описка секретарей, особенно, если секретарь набирала текст от руки. Пропушенное слово должно стоять между словами "сумму" и "стоимости", таким образом расшифровывая какую сумму должен уплатить заказчик. Сумму, равную стоимости порученных работ. По-моему логично.

В этой фразе две ошибки - одна филологическая, другая юридическая.
Филологическая "сумма стоимости". Можно сказать "сумма денег" или "сумма в размере стоимости", но не сумма стоимости.
Юридическая - оплата порученных работ. Получается что исполнитель может не выполнять работу, и заказчик обязан оплатить даже не выполненную работу. Следовало бы прописать оплату выполненных работ.

Безусловно,я могу и ошибиться,но это предложение можно перефразировать следующим образом:
"Заказчик выплачивает Исполнителю денежную сумму, равную стоимости выполненных работ."
Мне кажется,что получать можно бандероль,телеграмму�, пенка (извините),наконец.
А к работе более подходят такие причастия, как-то : сделанная, выполненная, исполненная.

Фраза из договора на выполнение работ. Обычно расписывают отдельно обязанности заказчика и исполнителя, и отдельный параграф о порядке оплаты. Тогда фраза звучала бы так: "Заказчик обязуется своевременно оплачивать выполненные Работы в размере и порядке, предусмотренном настоящим Договором." А в главе о порядке оплаты расписана сумма, сроки, способ оплаты.
Это может быть банковский перевод или оплата наличными.
Поэтому в одном предложении сложно все изложить. Могу предложить вариант: "Заказчик обязуется оплатить ... рублей за выполненные Исполнителем работы путем перечисления денежных средств на счет Исполнителя не позднее ... дней с момента подписания акта выполненных работ." Но я бы расписал отдельно предмет договора, отдельно обязанности сторон, отдельно порядок расчетов и другие пункты, которые можно найти в типовых договорах и включить еще что-нибудь, чем подробнее все расписано, тем легче потом отстаивать свои права.