Как написать правильно: 99,99 рублей, или 99,99 рубля?
Как будет верно: 99,99 рублей или 99,99 рубля?
Какое правило применять при написании таких числительных?

Правильно писать 99,99 рубля. Здесь существительным управляет его дробная часть: девяносто девять сотых рубля. Если пробной части нет - то пишется 99 рублей. Я в таких случаях отправляюсь на сайт грамота.ру.