Как правильно?

Сочетание трех слов из вопроса, посвяященного форме, в которой должны стоять два из них, безусловно является словосочетанием.
Уберем пока из него второе по счету слово, оно особой роли для ответа не играет. Получаем командующий войсками(?)/войск(?)�. Это словосочетание с подчинительной связью управление. Имя существительное командующий ( главное слово ) управляет формой зависимого слова войск/войсками.
Чаще такое управление складывается исторически.
Исторически сложилось, что слово командующий упраляется на Родительным падежом ( кого?/чего? ), а Творительным ( кем?/чем? ). Поэтому корректным является первый из вариантов, приведенных в вопросе.
Командующий Сухопутными войсками государства был назначен на пост в прошлом году.