Например, молекулы кислорода
Или любой другой

Вспоминаем детские сказки: "Приключения муравьишки", "Лягушка-путешественница". В них главные герои покидали привычный для них мир и шли навстречу приключениям. Все, что с ними происходило, они сравнивали со своим миром (муравейником и болотом).
Изучаем физику вопроса: свойства и внешний вид молекулы. Рисуем ей руки-ноги, приветливое лицо - и вперёд.
Где до этого жила молекула? Допустим, в комоде, у папы в спальне. Куда она оттуда пошла, что увидела, что с ней сталось? Вот вышла молекула без спросу под дождь: зонтика не взяла, резиновые сапоги не надела...Что с ней может случится (вспоминаем физику вопроса)? Как ее можно спасти?
Несколько таких ситуаций можно придумать.
Ещё интересней, если нашу Молекулу (можно дать ей красивое имя) с другой молекулой познакомить. Как они отнесутся друг к другу (с учётом их физических свойств), будут они притягиваться или отталкиваться.
Главное, в конце обязательно верните ее домой, она ведь такая маленькая!