Сомневаюсь в правильном написании: перед духовкой кусочки следует обмакнуть во что (в муку), или в чем (в муке)?

Если обмакнуть, то в муку. А если обвалять, то в муке. Тоже можно написать и о воде. Если макнуть, то в воду. А если искупать, то в воде.  Таков русский язык.  Это когда одновременно на столе может и стоять предмет и лежать. Стакан на столе стоит, а ложка лежит.
Вот стоит на столе стакан с мукой. Вы в него макаете кусочек мяса. Макаете в муку. Теперь на столе у вас лежит доска с насыпанной тонким слоем мукой. Тот же кусочек мяса вы обваляете в муке.Обмакнуть не получится.  Я так думаю, но может кто-то по-другому считает. Пусть напишет.
                                                                              

В современном русском языке существует так называемое глагольное управление, т.е. часть глаголов требует определённого падежа, употребляется только с этим падежом, управляет им.
Глагол совершенного вида "обмакнуть" (что сделать?) управляет существительным с предлогом в дательном падеже - во что? куда? При этом сыпучее вещество или жидкое - всё равно, напр., обманкуть в кляр, обмакнуть в сухари - на коротокое время опустить, погрузить.
Верный вариант - обмакнуть в муку (во что?). 
См. толковый словарь под ред. С. Кузнецова.

По большому счету оба варианта уместны. Особенно в плане написания или произношения.
Вот только первый вариант в плане рецепта годится, когда свои кусочки из муки вы уже вынимать не собираетесь. Понятно, что в противном случае лучше использовать второй вариант.

Обмакнуть в муку(в воду, в кашу).
Извалять в муке (замочить в воде)
3-й класс, по-моему, падежи.