Как решить Почему "Ё" с двумя точками, а "Й" с одной чёрточкой?.

В современном русском языке только эти две буквы имеют диакритические знаки. Причина того, что надстрочные знаки разные, - в происхождении букв.
Буква "й", называемая "и краткое", возникла из сочетания буквы церковнославянского языка "и", "и восьмеричное/иже" (обозначала цифру , и греческого знака краткости "бреве", "кратки", как её называли по-русски. Письменное употребление зафиксировано в начале 17 века. Новая буква обозначала краткость звука [и], позднее стала графическим символом звука [j`].
Буква "ё" искусственно создана/придумана людьми (кто говорит - Н. Карамзиным, кто называет княгиню Е. Дашкову) в 18 веке. До её изобретения звуки, которые эта буква обозначала на письме, передавали двумя буквами: ьо, іо́ , ио , напр., всио/всё, Альона/Алёна. После долгих препирательств буква окончательно и официально утвердилась в русском алфавите лишь в начале сороковых годов 20 века.
Две точки над ней - распознавательный признак ударного звука.