Может быть, "как же" обособляется не запятыми, а другими знаками препинания? Какими?
Например - "Ага, как же, жди, жди...", "Как же мне быть?".

Отметим, что два слова из вопроса вместе представляют собой частицы. Необходимость ее обособления рассматривается отдельно в каждом случае.
1) Вышеуказанная частица употребляется в восклицательном либо вопросительном предложении и выражает удивление. В этом случае ее не выделяем запятыми.
Как же ты мне уже надоел!
Как же мне теперь до конца месяца дожить без денег?
2) Если данная частица выражает несогласие, недовольство чем-то, о чем уже упоминалось ранее, она обособляется.
Отдаст он долг на следующей неделе, как же.
3) Если частица подчеркивает согласие с чем-то, запятые нужны.
Как же, слышали мы уже эту новость.
4) В сочетании с ну частица как же со значением напоминания о чем-либо кому-либо тоже требует выделения запятыми.
Ну как же, мы с тобой вместе покупали.