• Мальчик мастерил что-то из ракушек, наклонив голову, почти не шевелясь и ничего не замечая вокруг. Девочка долго стояла за спиной мальчика и потом, КРАДУЧИСЬ, ушла, не выдав себя ни одним неосторожным звуком или движением.
• В полночь Григорий КРАДУЧИСЬ подошёл к стану, стал в шагах десяти.

Почему в первом случае обособляется, а во втором нет?

Слово "крадучись" изначально, действительно, является глагольной формой - деепричастием настоящего времени от глагола несовершенного вида "красться" (что делать?).
При этом в русском языке нередко одиночные деепричастия переходят в разряд наречий, в этом случае (если, конечно, нет мысли сделать уточнение) оно не обособляется, сравним, напр., отвечать,  сидя за столом - отвечать сидя, смотреть, лёжа на диване - смотреть лёжа и т.д.
Некоторые лингвистические словари слово "крадучись" дают именно как наречие, напр., словарь С. Кузнецова.
Одиночное деепричастие может утрачивать действенность и приобретает значение  образа действия.
Автоматически обособлять их  только на  том основании, что они деепричастия, нельзя.
На обособление/необособление влияют некоторые условия:
не обособляются одиночные деепричастия, если они непосредственно примыкают  к глаголу и имеют значение образа действия. Это мы видим во втором примере.
Подошёл (как? каким образом?) крадучись. В такой ситуации можно говорить об обстоятельстве, выраженном деепричастием или наречием. Ошибки не будет, поскольку значение действия утрачено, а выражено значение образа действия.
обособляется одиночное деепричастие, если оно обозначает добавочное действие и усиливает его.Пример - первый случай.
Прослеживается последовательность действий: стояла, кралась, ушла. Деепричастие тоже примыкает к глаголу (ушла), но его глагольность, действенность усилена - очевидно, автору хотелось подчеркнуть именно это.
Добавлю, что вопрос  обособления-необособления одиночных деепричастий сложный, нужно принимать во внимание  и  контекст, и  авторский замысел, и вариантивность   логического ударения.
Цитирую справочник В. Лопатина.

Это не наречие, а деепричастие, хоть и отвечает на вопрос "как". Обособляться будет по всем правилам обособления деепричастия запятыми