Как склоняется словосочетание "две цапли"?
Как изменяется по падежам сочетание  "две цапли"?

Цапли - существа живые, поэтому при склонении по падежам им соответствует вопрос "кто?" и его производные. Поэтому склонение по падежам будет вот такое:
Именительный (кто?) - две цапли;
Родительный (кого?) - двух цапель;
Дательный (кому?) - двум цаплям;
Винительный (кого?) - двух цапель;
Творительный (кем?) - двумя цаплями;
Предложный (о ком?) - (о) двух цаплях.