Почему слова "неприятный" и "нелицеприятный" обычно считаются синонимами?

Примерно потому же, почему путают одеть с надеть, главную роль - с заглавной,  афериста - с авантюристом и т.п. По созвучию и ассоциативно, на уровне чувств.
Так нелицеприятный и неприятный имеют упор на некий негатив. Есть категория людей не очень образованных, но пытающихся таковыми не казаться. Они чаще и выбирают  более вычурную форму, как более сильную.
                                                                              

Правильно понять значение слова "нелицеприятный", наверное, мешает его буквальное толкование - что-то вроде "неприятный для лица". Но подлинное значение совершенно иное - "беспристрастный, справедливый, непредубежденный".
Поэтому фраза "его биография омрачена нелицеприятными фактами" и подобные ей  звучат абсурдно.
А вот Александр Фадеев знал значение прилагательного "нелицеприятный" и образованного от него наречия:
Еще одна причина употребления слова в несвойственном ему значении - утрата поддержки однокоренных слов. Когда-то в русском языке были слова "лицеприятие", "лицеприятный", "лицеприятствовать". Они означали пристрастное отношение, предпочтение одного лица другому из-за личных связей, в поисках выгоды и т.д.

Наверное это те люди, которые желая сверкнуть умом, могут сказать что-то вроде, "Решать вопросы не в их консистенции". Или "Опаздывать на работу, это череповато увольнением". "У этих конфет триперно сладкий вкус"   - ещё перл.
Люди употребляют слова даже не задумываясь об их значении.
Неприятный и нелицеприятный это абсолютно разные слова, хотя происхождение от одного слова.
Вкус, запах или цвет не может быть нелицеприятным. От вашей колбасы исходит нелицеприятный запах. Я не знаю, возможно те люди, которые изначально не являются носителями русского языка могут и не заметить разницу. Но для любого русскогоговорящего человека разница очевидна.

Значение слова "приятный" понятно всем. Это  «доставляющий удовольствие" – общая оценка для предметов, людей, чувств. Поэтому неприятное – это всегда плохое.
Но так ли очевидно значение слова «нелицеприятный»? Это тоже неприятный, но не  только. Это еще и объективный, справедливый. Значит, это нечто позитивное, правильное? Но именно в этом как раз и нет ПОЛНОЙ ЯСНОСТИ.
(Лицеприятный (устар.) – основанный на лицеприятии.)  А лицеприятие – это благоприятно-пристрастное ОТНОШЕНИЕ к какому-то ЛИЦУ из корыстных побуждений.  Соответственно, лицеприятие – это точно плохо, но вот слово это устаревшее, неупотребительное в нашей жизни.
Да и как всё это вычислить?  Ведь приятное в лицеприятном отношении  – это необязательно нечто ложное, это лишь подчеркивание приятного в КОРЫСТНЫХ целях (с выгодой и пользой для себя) . А как определить эти корыстные цели ?
К примеру,  друг спрашивает вас о своем только что написанном рассказе, и вы говорите:  классно всё написано, мне нравится!  Почему вы  так говорите? 
(1)  Ну, это объективная оценка, мне приятно ему об этом сказать.   Тогда это не лицеприятие.  (2) Оценка не очень объективная,  но надо его поддержать,  не все пишут шедевры сразу. Да, рассказ не слишком хорош, но,  может,  потом напишет лучше, да и зачем мне с ним ссориться. Это лицеприятие или нет?  Разные побуждения, корыстные и бескорыстные, смешиваются, их иногда трудно различить.
Или вы скажете: рассказ мне показался неудачным. И это будет ваше  искреннее, объективное и нелицеприятное высказывание.  А почему вы так говорите? Ну, он вообще-то  очень талантливый парень, хотя не всё у него еще получается. Можно было бы и не критиковать его очень строго, но зачем мне лишние конкуренты, уж лучше  сразу отбить у него всякую охоту к письму.В 19 веке слова «искренний и нелицеприятный»  были синонимами, а сейчас мы не уверены в этом. Не очень-то тактичное с вашей стороны высказывание, можно было бы подыскать более мягкую формулировку. Да и вообще, начать с достоинств и ненавязчиво перейти к недостаткам.
Итак, нелицеприятное высказывание – это неприятная для данного лица, но  объективная и справедливая оценка.  Но вот безусловно позитивное значение этого слова в современном языке вызывает сомнение из-за сближения его  со словом БЕСТАКТНОСТЬ.  А также  из-за ЦЕЛЕВОЙ НАПРАВЛЕННОСТИ, которая тоже может корыстной при всей  своей объективности . Поэтому желательно, чтобы форма у нелицеприятия была тактичной, а цель достойной и  конструктивной.
Вот почему даже не все русские люди  с легкостью понимают значение этого слова и, соответственно,  активно обсуждают его в Сети.

Это интуиты.
Люди делятся на интуитов и сенсориков.
Сенсорики внимательны к деталям, словам и вообще всему, что происходит.
Сенскорики мыслят конкретно и для них любая мельчайшая деталь имеет смысл.
Их речь конкретная и точная. То есть когда сенсорик что-то говорит он имеет ввиду именно, то что говорит и доносит именно правильный смысл.
А интуиты это люди небрежные по отношению к деталям. Для них главное это суть, а остальное не так важно. Их речь абстрактная, туманная и непонятная. Иногда реально бывает сложно понять что человек имеет ввиду. Интуиты думают что все и так очевидно зачем в детали вдаваться.
Вот и к словам они не придираются. Но тут как раз имеется разница.
Нелицеприятный это беспристрастный, а неприятный это не нравится.
Но для интуитов это слова синонимы. Нелицеприятный и неприятный для них имеет одно значение неприятный.