Антон сергеевич вставал с ранней зарёй, и когда он вдыхал прохладный воздух, который был напоен важным запахом росы, то ощущал в себе невероятные силы, а на душе у него становилось радостно.
Почему перед и стоит запятая, он ведь связывает однородные сказуемые?

               "И" здесь не между однородными сказуемыми, а между двумя частями (простыми предложениями) сложного предложения. В каждом из них есть подлежащее и сказуемое. Первая пара - "Антон Сергеевич вставал", второе - "он вдыхал". Это в вашем сознании "Антон Сергеевич" и "он" - один и тот же человек, но это два разных подлежащих.
Все части (две, три, десять) сложного предложения всегда отделяются друг от друга знаками препинания. В данном случае все остальные запятые также для разделения предложений, а не потому что дальше нет союзов "и".

               Союз когда указывает, что началось придаточное предложение,а между частями надо ставить запятые. Давайте рассмотрим это сложное предложение с двумя видами связи, есть и подчиненное и сочиненное, состоящее из 4 частей.
1.Антон сергеевич вставал с ранней зарёй,  то ощущал в себе невероятные силы, Здесь мы видим те самые однородные сказуемые, о которых вы пишите.
2.и когда он вдыхал прохладный воздух, придаточная часть, поясняющая в 1 части .ощущал в себе невероятные силы,
3.который был напоен важным запахом росы, придаточная часть, поясняющая во 2 части слово воздух.
Здесь еще надо обратить внимание на то, что после и нет запятой только потому, что в следующей части имеется то.
4.а на душе у него становилось радостно. Сочинительный союз а присоединяет к первой части безличное предложение.

               Я так объясню.
Это сложное многочленное предложение, 5 предикативных основ: Антон Сергеевич вставал, он вдыхал, который был напоен, (он) ощущал, становилось радостно. Сочинительная (союзы И, А) и подчинительная связь(когда...то, который).
Союз И соединяет первое простое предложение  и другую многочленную конструкцию, в которой 4 предикативные основы.

               Запятая стоит не потому, что это сложное предложение, а потому, что в тексте используется деепричастный оборот, который указывает на дополнительное действие, которое выполняется существительным (подлежащим) в предложении.
Деепричастный оборот всегда выделяется запятыми, перед оборотом и в конце.

               Если не ошибаюсь, это сложноподчинённое предложение (несложно объясняю?). Предложений здесь, как бы два, одно выделено запятыми.