Может ли "хорошо" использоваться как отдельное предложение или обязательно нужно ставить запятую вместо точки? (Хорошо. Я тебя понял/Хорошо, я тебя понял)?

Да, конечно, об этом свидетельствуют и Ваши примеры:
Первое предложение односоставное, безличное, потому что  состоит только из одного главного члена предложения, а именно - сказуемого "хорошо". Третье предложение - сложносочинённое оно состоит из двух предложений, соединённых запятой. Первая часть - односоставное и безличное предложение, вторая часть - двусоставное,  в котором есть и подлежащее -"я", и сказуемое - "понял". Ставить между ними точку или запятую зависит от говорящего. Если он захочет  подчеркнуть  согласие, он может выделить это более сильным ударением, паузой и точкой, а если всё обычно, то достаточно и запятой.
                                                                              

Думаю, что это именно так, ибо есть многосложные предложения и есть односложные, состоящие всего из одного слова.Это в основном утвердительные предложения типа Плохо. Невнятно. Нехорошо. и для данного случая: Хорошо!