Читаю статью " Врачи предупредили, что в мозгу они также зафиксировали высокий уровень амилоидных белков"...
А я бы сказала " В мозге".
Так как правильно- изменения в мозге, или изменения в мозгу?

Оба варианта верны, только их употребление зависит от контекста.
Если речь идёт о мозгемкак человеческом органе, то правильной считается слово форма "в мозге", например, "химические процессы, происходящие в мозге, влияют на душевное состояние человека".
Если же речь идёт о сознании, разуме, то следует употреблять форму "в мозгу": "И перья страуса склрненные в моем качаются мозгу" (А. А. Блок "Незнакомка")
Таким образом,  оба варианта имеют право на существование, форма зависит от контекста,

В быту и художественной литературе пишут в мозгу, в медицинской литературе всегда в мозге. В головном мозга, в спинном мозге. У медиков есть свои особенности, видимо, связанные с более близким заимствованием из латинского и греческого языков, а может быть определенная традиция виновата. Например, в быту называют наркомАния, а наркологи и психиатры кличут наркоманИя и проч.