Как правильно: "Завод построили за три года вместо предполагаемых двух или вместо предполагавшихся двух?
Вместо предполагаемых или предполагавшихся?
Как объяснить употребление причастий?

Для определения времени причастия важно знать, когда планировалось выполнить строительство завода.
В предложении сообщается о том, что завод предполагалось построить раньше ( всего за два года), но со строительством задержались (построили только через три года).
Глагол, от которого образовано причастие, употреблен в прошедшем времени.
И причастие, обозначающее действие по этому глаголу,  должно сочетаться со временем глагола.
Поэтому правильно использовать причастие прошедшего времени, а не настоящего, то есть следует написать так:
В таком варианте предложения все абсолютно однозначно воспринимается, не нужно ничего додумывать.
                                                                              

Я не лингвист, конечно, но по своей логике думаю, что нужно тут нужно учитывать, как именно длится предполагаемое время строительства завода.
Например, нужно писать так:
"Завод построили за три года вместо предполагавшихся двух лет".
Однако, в другом случае нужно писать так:
"Завод построили за два года вместо предполагаемых трёх лет".
В первом случае предполагаемый срок строительства к моменту сдачи объекта в строй уже прошёл, а во втором случае - ещё не прошёл.