Что говорят по этому поводу квалифицированные лингвисты и почему?

Правильно говорить "в городе Москва". Потому, что Москва это город, а ни его описание!Однако если говорить о чём-то про город например ;в старой Москве, употребляется "Москве"!

Правильно: в городе Москве, в городе Санкт-Петербурге, из города Киева; в деревню Ивановку, из деревни Ольховки, в селе Шушенском, под хутором Михайловским.