Как это решить Луна и лунка – это однокоренные слова?.

Корень в слове луна - лун, а в слове лунка - лунк. Но, вообще, исторически слово лунка производное от слова луна с добавлением уменьшительно-ласкательного суффикса -нк- (пример  малинка, глубинка), что значит маленькая луна
                                                                              

Конечно! Название "Луна" и возникла благодаря лунке, идеально круглой ямке. Ведь Луна воспринималась абсолютно круглой.