В словаре Тихонова указано, что существительное "проталина" образовалось от глагола "протаять". Но тогда какой суффикс используется при его образовании? Разве существует суффикс ЛИН? В каких словах он еще встречается?

Нет, тут два суффикса. Первый -- это суффикс -л-, который есть, например, в слове талый. Второй суффикс -ин-, аналогично словам горошина и соломина.
Аналогично возникает "суффикс" -лин- в слове напраслина.