Как правильно говорить: "в военном уставе" или "в воинском уставе"?

В великом и могучем нашем языке есть такое явление как паронимия.
Паронимами обычно назваются слова очень близкие по форме ( отличаются несколькими буквами ), но с разным семантическим значением или его оттенками.
Оба слова из вопроса, несомненно, являются именами прилагательными. В первом корень -воен- и суффикс -н-, аво во втором - -воин- и -ск-, соответственно. Эти прилагательные являются паронимами.
Если сравнить определения этих прилагательных, данные в толковых словарях, то можно запутаться еще больше.
Военный - связанный с деятельностью вооруженных сил.
Воинский - связанный с воином и военной службой.
С именем существительным устав, как правило, употребляется прилагательное воинский. Кроме того, полезно запомнить, что еще бывает воинским:
служба, порядок, дисциплина, чин, должность и пр.